Я бы поступил следующим образом: сделал всё геометрией (альфа может и снижает кол-во фейсов в модели, но сильнее нагружает видеокарту и снижает фреймрейт), и самые сложные части модели (самые объёмные) вынес в отдельную модель и прикрутил к основной к основной через FreightAnim. Мне друзья говорили что через FreightAnim можно подключить чуть ли не в два раза больше фейсов чем в имеется в основной модели. Но мне так и не удалось проверить верность данного утверждения, т.к. я столкнулся с лагами конвертеров mstsconv.exe и GMAX (пропадание фейсов, искажение текстур и невозможность нормально настроить альфу окон), после чего желание заниматься дальнейшей разработкой ДР1А для МСТС окончательно пропало.
И как бы очевидно, что деталь на текстуре, которая должна быть окружена прозрачностью, должна в основных трёх каналах быть окружена похожей по яркости и оттенку подложкой.
Да, кстати, НЯЗ, лимит фейсов (не поликов!!!) для одного объекта в МСТС равен приблизительно 2300.