По первой ситуации.
Такое поведение составов может быть из-за некорректных настроек типа и/или скоростных ограничений, незаметных из-за малого размера участка. Например, при сборке стрелки, настройки "примыкающего" пути могут зацепить часть основного, но, если кусочек зацепленного трека очень маленький, увидеть это никак невозможно.
Светофоры в такой ситуации ни на что не влияют.
Касаемо второго случая.
Возможно, та же причина - некорректная настройка пути. "Диспетчер" может посчитать, что реверсирование оптимальнее, чем движение по такому кусочку, а если запретить реверсирование или заблокировать правый путь - то уже вынуждено выбирает левый путь.
Ориентироваться на часы бесполезно, "диспетчер" определяет время, исходя из идеальных условий.
Третий случай я рекомендую отследить с помощью LogMate. Возможно, при спауне состава блок-участок, на котором расположен портал, с точки зрения симулятора, был занят. Такая ситуация приводит к сбою "диспетчера", вследствие чего боты начинают ужасно тупить. Это событие фиксируется в логе, я не помню текст, но в нем речь идет об ошибке занятости.
Также причина может быть, опять же, в некорректных настройках свойств пути, недавно в форуме разбирали
похожий случай, когда состав сходил с рельс в момент спауна в начале сценария из-за ошибки в правиле пути.