У куба всего 8 вершин. Обойти их по очереди не так долго, особенно если запомнить последовательность в которой ТСМ производит обход вершин.
Кроме того, можно пользоваться кнопкой Mouse select (с зображением квадрата пунктиром, она находится на нижней панели рядом с линейкой). Выделяет всё, что попадет в обведенную при её помощи прямоугольную область.
Ещё можно попробовать тыкать мышкой по нужным точкам. Это упрощает переход от вершины к вершине.
Если есть 2 куба, надо сначала объединить их в одну деталь. Для этого выделяешь 2 детали и нажимаешь J (Part -> Join selected).